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、晋文公、魏武帝、刘备、李广、韩遂、孙策、徐庶等。有的是道教著名领袖，如第二等级的魏华存、许穆、许拥是道教上清派的创始人，徐来勒、葛玄是灵宝派的创始人，而第四阶次的张陵是天师道的鼻祖，葛洪是道教大理论家。有的是神话传说人物，如第三阶次的黄帝、唐尧、虞舜、夏禹，第四阶次的赤松子等等。总之，神谱中各色各样的人物都有，且大都是赫赫有名的人物，但也有无人知晓的人物，难以考其来源，有的与道教关系不大，像孔子也拉进神谱，显得不伦不类。除陶的神谱外，还有各种不同的神谱，其结构和内容也互有出入。
陶弘景的《真灵位业图》神谱只是上清派一家之言，它奉元始天尊、元始天王、太上大道君、金阙帝君等为最高神，灵宝派以元始天尊、太上老君地位为最尊，而天师道则尊老子为最高神。三派各行其是，在最高神问题上彼此不完全认同，随着道教的发展和各派的互相交融，大概在南北朝末期，出现了统一的最高尊神“三清”，即元始天尊、灵宝天尊、道德天尊。三清神的出现，标志着道教神仙谱系的最终定型。
“三清”尊神的建立，却经历了一较长的发展过程。道教初创时，是以老子为其始祖，称之为太上老君又称太上道君，尊奉为最高神灵。例如于吉等人所编的《太平经》和张陵等人所造作的道书，皆托名为老君所授，直至北魏寇谦之所撰的《云中音诵新科之诫》和《录图真经》以及他的“天师”称号，皆托名老君所赐。这是包括太平道和五斗米道在内的早期道教的一个共同特点。乃至以后的全真道道统渊源，仍称太上老君传于金母,金母传白云上真,白云上真传王玄甫，王玄甫钟离权,钟离权授吕洞宾和刘海蟾，吕洞宾授王重阳,重阳授北七真。将全真道统上溯到老子，并尊王玄甫为全真道的始祖。及至东晋中后期上清、灵宝等道派出现后，对道教最高尊神的观念便发生了变化。这些新起的道派，便不再尊奉太上老君为最高尊神了，而是以元始天王或元始天尊与太上大道君的地位最尊。在这两派的经书中也提到太上老君，但往往把它摆在一个次要的地位，有些经书甚至把它作为元始天尊或元始天王和太上道君的弟子看待。这种分歧，在《魏书·释老志》和《隋书·经籍志》对道教的介绍中，便可明显地看出来。《魏书》卷一百一十四《释老志》说：“道家之原，出于老子。其自言也，先天地生，以资万类。上处玉京，为神王之宗；下在紫微，为飞仙之主。”[3]2这显然是反映了天师道以老子为最高尊神的思想。《隋书》卷三十五《经籍志》四则称：“道经者，云有元始天尊，生于太元之先，禀自然之气，冲虚凝远，莫知其极……以为天尊之体，常存不灭，每至天地初开，或在玉京之上，或在穷桑之野，授以秘道，谓之开劫度人。所度皆诸天仙上品，有太上老君……。”1这明显是以元始天尊为最高尊神，太上老君也是元始天尊所传度的弟子之一，代表上清派的思想。
天师道与上清、灵宝等三个主要道派在道教最高尊神的观念方面，分歧既然有如此之大，即道教经书既有大中小之分，则造说这些经书的教主也势必会有先后等级的差别，在《云笈七笺》卷六《三洞经教部》之《三洞并序》里即称：“三洞既降，遂有大小中乘、初中后法三种分别。”3那末，在三洞尊神之间，如何划分先后等级的差别呢?故道教又有“一气化三清”之说。在上引《九天生神章经》里即含有三清皆由道气所化之意，在《三洞并序》中说：“又三洞之元，本同道气；道气惟一，应用分三，皆以诱俗修仙，从凡证道，皆渐差别，故有三名。”4即是说，三洞的本元，都是来自同一的道气，只是应用不同，才分为三个不同的名称。尽管如此，但具体到究竟是由谁一气化三清呢?则又有不同说法。一种意见是认为，道教的三清是由大罗天的玄、元、始三气所化而成。如大约为东晋或南北朝初年出世的《太真科》就说：“三天最上号日大罗，是道境极地，妙气本一，唯此大罗生玄元始三燕，化为三清天也。一日清微天玉清境，始气所成；二日禹余天上清境，元气所成；三日大赤天太清境，玄气所成。”1这种说法，并未解决三清尊神之间先后等级的实质问题，而且还会引来住大罗天的尊神是谁，三清尊神是否为这位尊神所化而成等一系列的问题，故道教通常又有另外两种说法，一种说法是认为，三清是由元始天尊一气所化，上清派道士多主张之。《三洞并序》引证《业报经》和《应化经》说：“天尊日：吾以道气，化育群方，从劫到劫，因时立化。吾以龙汉元年，号无形天尊，亦名天宝君，化在玉清境，说《洞真经》十二部，以教天中九圣，大乘之道也。……吾以延康元年，号无始天尊，亦名灵宝君，化在上清境，说《洞玄经》十二部，以教天中九真，中乘之道也。……吾以赤明之年，号梵形天尊，亦名神宝君，化在太清境，说《洞神经》十二部，以教天中九仙，小乘之道也。”2这就说，三洞尊神都是元始天尊在不同时期的化身，三洞经书也都是元始天尊在不同时期所说，这样对道教各派便不会产生等级高下之分，导致教派之间的矛盾了。不过这很明显是代表上清派的说法，《隋书·经籍志》采用之。道教的另一种说法是认为，三清是由老子一气所化，这主要以天师道为代表的道士们的思想。这种思想，其渊源甚早。早在道教正式产生之前，就开始对老子进行神化。东汉明帝(57_75在位)、章帝(76—88在位)之时，益州太守成都人王阜所作的《老子圣母埤》即称：“老子者，道也。乃生于无形之先，起于太初之前，行于太素之元，浮游六虚，出入幽冥，观混合之未别，窥清浊之未分。”[4]1这里便把老子与道合而为一，而道是天地万物的根源，因而老子也就自然成为造物主，当然也就是至高无上的神灵了。早期道教继承并继续发挥了这一思想。在道教早期经典《太平经》中便说：“老子者，得道之大圣，幽明所共师者也。应感则变化随方，功成则隐沦常住。住无所住，常元不在。……周流六虚，教化三界，出世间法，在世间法，有为无为，莫不毕究。”[5]2传为张陵(或张鲁)所作的《老子想尔注》，也把老子作为道的化身，称“一者，道也”，“一散形为气，聚形为太上老君”[6]3。《云笈七簸》卷一《道德部》之《总叙道德》引葛玄《五千文经序》说：“老君体自然而然，生乎太无之先，起乎无因，经历天地，终始不可称载，穷手无穷，极乎无极也，与大道而轮化，为天地而立根，布气于十方，抱道德之至纯，浩浩荡荡，不可名也。……堂堂乎为神明之宗，三光持以朗照，天地禀之得生……故众圣之所共宗。”4其后南宋谢守灏所撰编的《混元圣纪》、《太上老君年谱要略》、《太上混元老子史略》等著作中更反复地说：“太上老君者，大道之主宰，万教之宗元，出乎太无之先，起乎无极之源，经历天地，不可称载，终乎无终，穷乎无穷者也。其随方设教，历劫为师，隐显有无，罔得而测。然垂世立教，应现之迹，昭昭然若日月。”5又说：“太上老君，乃大道之宗祖，三才之本根也。”6又说：“太上老君，乃元气之祖，万道之宗，乾坤之根本，天地之精源。”7又引唐尹文操的话说：“老子者，即道之身也，迹有内外不同，由能应之身或异也。”1并称他“秉生成之柄，镇造化之原，故在天为众圣之尊，在世为万教之主。谓之老子者，道之形也，应既不一，号亦无量，或三十六号，或七十二名。”2又说：“老君在天皇时，号玄中大法师，亦日通玄天师，出《洞真经》一十二部，以无极大道下教人间。在地皇时，号有古大先生，出《洞玄经》一十二部，化人以无上正真之道。在人皇时，号盘古先生，出《洞神经》一十二部，化人以太平无为之道。”3
按照这种说法，则是三洞经书，皆由老子所造作。不仅如此，甚至还说：“老君于三皇时说经，世谓之《三坟》之书，久失其传，兼累世所说经，多藏琼室瑶台，或秘龙宫海藏，神真保护，世莫得闻，今所传者，太山一毫芒尔。”4这就是说，三洞之外的众多经书，也系老子所造。我们知道，道教是以道为最高信仰，以修道成仙为最终目的，这是一切道派的共同思想，也是道教和其他宗教的根本区别，天师道一系从东汉以来即将老子看作是道的化身，老子与道是一是二、二而一的。“道”是天地万物的根源，因而作为“道”的化身的太上老君老子，自然也就成为“混沌之祖宗，天地之父母，阴阳之主宰，万神之帝君”，当然也就是道教的最高神灵了。那末，老子一气化三清之说，也就不言而喻了。但在《太上混元老子史略》卷下又有“老君日：夫三洞宝经，皆三清之上道也，吾昔受之于元始天尊”5的一段话与全文主题不类，应是宋朝上清派昌盛掌权编辑《道藏》时所添改的观点。魏晋道教有另两种创世说存在，一种也就是元始天王创世。另一种是太上老君创世，也是被历代皇帝推崇与说的最多的。不过，唐代四川“三宝窟”开始供奉道教神像。
、晋文公、魏武帝、刘备、李广、韩遂、孙策、徐庶等。有的是道教著名领袖，如第二等级的魏华存、许穆、许拥是道教上清派的创始人，徐来勒、葛玄是灵宝派的创始人，而第四阶次的张陵是天师道的鼻祖，葛洪是道教大理论家。有的是神话传说人物，如第三阶次的黄帝、唐尧、虞舜、夏禹，第四阶次的赤松子等等。总之，神谱中各色各样的人物都有，且大都是赫赫有名的人物，但也有无人知晓的人物，难以考其来源，有的与道教关系不大，像孔子也拉进神谱，显得不伦不类。除陶的神谱外，还有各种不同的神谱，其结构和内容也互有出入。
陶弘景的《真灵位业图》神谱只是上清派一家之言，它奉元始天尊、元始天王、太上大道君、金阙帝君等为最高神，灵宝派以元始天尊、太上老君地位为最尊，而天师道则尊老子为最高神。三派各行其是，在最高神问题上彼此不完全认同，随着道教的发展和各派的互相交融，大概在南北朝末期，出现了统一的最高尊神“三清”，即元始天尊、灵宝天尊、道德天尊。三清神的出现，标志着道教神仙谱系的最终定型。
“三清”尊神的建立，却经历了一较长的发展过程。道教初创时，是以老子为其始祖，称之为太上老君又称太上道君，尊奉为最高神灵。例如于吉等人所编的《太平经》和张陵等人所造作的道书，皆托名为老君所授，直至北魏寇谦之所撰的《云中音诵新科之诫》和《录图真经》以及他的“天师”称号，皆托名老君所赐。这是包括太平道和五斗米道在内的早期道教的一个共同特点。乃至以后的全真道道统渊源，仍称太上老君传于金母,金母传白云上真,白云上真传王玄甫，王玄甫钟离权,钟离权授吕洞宾和刘海蟾，吕洞宾授王重阳,重阳授北七真。将全真道统上溯到老子，并尊王玄甫为全真道的始祖。及至东晋中后期上清、灵宝等道派出现后，对道教最高尊神的观念便发生了变化。这些新起的道派，便不再尊奉太上老君为最高尊神了，而是以元始天王或元始天尊与太上大道君的地位最尊。在这两派的经书中也提到太上老君，但往往把它摆在一个次要的地位，有些经书甚至把它作为元始天尊或元始天王和太上道君的弟子看待。这种分歧，在《魏书·释老志》和《隋书·经籍志》对道教的介绍中，便可明显地看出来。《魏书》卷一百一十四《释老志》说：“道家之原，出于老子。其自言也，先天地生，以资万类。上处玉京，为神王之宗；下在紫微，为飞仙之主。”[3]2这显然是反映了天师道以老子为最高尊神的思想。《隋书》卷三十五《经籍志》四则称：“道经者，云有元始天尊，生于太元之先，禀自然之气，冲虚凝远，莫知其极……以为天尊之体，常存不灭，每至天地初开，或在玉京之上，或在穷桑之野，授以秘道，谓之开劫度人。所度皆诸天仙上品，有太上老君……。”1这明显是以元始天尊为最高尊神，太上老君也是元始天尊所传度的弟子之一，代表上清派的思想。
天师道与上清、灵宝等三个主要道派在道教最高尊神的观念方面，分歧既然有如此之大，即道教经书既有大中小之分，则造说这些经书的教主也势必会有先后等级的差别，在《云笈七笺》卷六《三洞经教部》之《三洞并序》里即称：“三洞既降，遂有大小中乘、初中后法三种分别。”3那末，在三洞尊神之间，如何划分先后等级的差别呢?故道教又有“一气化三清”之说。在上引《九天生神章经》里即含有三清皆由道气所化之意，在《三洞并序》中说：“又三洞之元，本同道气；道气惟一，应用分三，皆以诱俗修仙，从凡证道，皆渐差别，故有三名。”4即是说，三洞的本元，都是来自同一的道气，只是应用不同，才分为三个不同的名称。尽管如此，但具体到究竟是由谁一气化三清呢?则又有不同说法。一种意见是认为，道教的三清是由大罗天的玄、元、始三气所化而成。如大约为东晋或南北朝初年出世的《太真科》就说：“三天最上号日大罗，是道境极地，妙气本一，唯此大罗生玄元始三燕，化为三清天也。一日清微天玉清境，始气所成；二日禹余天上清境，元气所成；三日大赤天太清境，玄气所成。”1这种说法，并未解决三清尊神之间先后等级的实质问题，而且还会引来住大罗天的尊神是谁，三清尊神是否为这位尊神所化而成等一系列的问题，故道教通常又有另外两种说法，一种说法是认为，三清是由元始天尊一气所化，上清派道士多主张之。《三洞并序》引证《业报经》和《应化经》说：“天尊日：吾以道气，化育群方，从劫到劫，因时立化。吾以龙汉元年，号无形天尊，亦名天宝君，化在玉清境，说《洞真经》十二部，以教天中九圣，大乘之道也。……吾以延康元年，号无始天尊，亦名灵宝君，化在上清境，说《洞玄经》十二部，以教天中九真，中乘之道也。……吾以赤明之年，号梵形天尊，亦名神宝君，化在太清境，说《洞神经》十二部，以教天中九仙，小乘之道也。”2这就说，三洞尊神都是元始天尊在不同时期的化身，三洞经书也都是元始天尊在不同时期所说，这样对道教各派便不会产生等级高下之分，导致教派之间的矛盾了。不过这很明显是代表上清派的说法，《隋书·经籍志》采用之。道教的另一种说法是认为，三清是由老子一气所化，这主要以天师道为代表的道士们的思想。这种思想，其渊源甚早。早在道教正式产生之前，就开始对老子进行神化。东汉明帝(57_75在位)、章帝(76—88在位)之时，益州太守成都人王阜所作的《老子圣母埤》即称：“老子者，道也。乃生于无形之先，起于太初之前，行于太素之元，浮游六虚，出入幽冥，观混合之未别，窥清浊之未分。”[4]1这里便把老子与道合而为一，而道是天地万物的根源，因而老子也就自然成为造物主，当然也就是至高无上的神灵了。早期道教继承并继续发挥了这一思想。在道教早期经典《太平经》中便说：“老子者，得道之大圣，幽明所共师者也。应感则变化随方，功成则隐沦常住。住无所住，常元不在。……周流六虚，教化三界，出世间法，在世间法，有为无为，莫不毕究。”[5]2传为张陵(或张鲁)所作的《老子想尔注》，也把老子作为道的化身，称“一者，道也”，“一散形为气，聚形为太上老君”[6]3。《云笈七簸》卷一《道德部》之《总叙道德》引葛玄《五千文经序》说：“老君体自然而然，生乎太无之先，起乎无因，经历天地，终始不可称载，穷手无穷，极乎无极也，与大道而轮化，为天地而立根，布气于十方，抱道德之至纯，浩浩荡荡，不可名也。……堂堂乎为神明之宗，三光持以朗照，天地禀之得生……故众圣之所共宗。”4其后南宋谢守灏所撰编的《混元圣纪》、《太上老君年谱要略》、《太上混元老子史略》等著作中更反复地说：“太上老君者，大道之主宰，万教之宗元，出乎太无之先，起乎无极之源，经历天地，不可称载，终乎无终，穷乎无穷者也。其随方设教，历劫为师，隐显有无，罔得而测。然垂世立教，应现之迹，昭昭然若日月。”5又说：“太上老君，乃大道之宗祖，三才之本根也。”6又说：“太上老君，乃元气之祖，万道之宗，乾坤之根本，天地之精源。”7又引唐尹文操的话说：“老子者，即道之身也，迹有内外不同，由能应之身或异也。”1并称他“秉生成之柄，镇造化之原，故在天为众圣之尊，在世为万教之主。谓之老子者，道之形也，应既不一，号亦无量，或三十六号，或七十二名。”2又说：“老君在天皇时，号玄中大法师，亦日通玄天师，出《洞真经》一十二部，以无极大道下教人间。在地皇时，号有古大先生，出《洞玄经》一十二部，化人以无上正真之道。在人皇时，号盘古先生，出《洞神经》一十二部，化人以太平无为之道。”3
按照这种说法，则是三洞经书，皆由老子所造作。不仅如此，甚至还说：“老君于三皇时说经，世谓之《三坟》之书，久失其传，兼累世所说经，多藏琼室瑶台，或秘龙宫海藏，神真保护，世莫得闻，今所传者，太山一毫芒尔。”4这就是说，三洞之外的众多经书，也系老子所造。我们知道，道教是以道为最高信仰，以修道成仙为最终目的，这是一切道派的共同思想，也是道教和其他宗教的根本区别，天师道一系从东汉以来即将老子看作是道的化身，老子与道是一是二、二而一的。“道”是天地万物的根源，因而作为“道”的化身的太上老君老子，自然也就成为“混沌之祖宗，天地之父母，阴阳之主宰，万神之帝君”，当然也就是道教的最高神灵了。那末，老子一气化三清之说，也就不言而喻了。但在《太上混元老子史略》卷下又有“老君日：夫三洞宝经，皆三清之上道也，吾昔受之于元始天尊”5的一段话与全文主题不类，应是宋朝上清派昌盛掌权编辑《道藏》时所添改的观点。魏晋道教有另两种创世说存在，一种也就是元始天王创世。另一种是太上老君创世，也是被历代皇帝推崇与说的最多的。不过，唐代四川“三宝窟”开始供奉道教神像。